园区于2015年2月由科技部批准建设，是全国第六批国家农业科技园区之一。建设总面积57万亩，按照“核心区-示范区-辐射区”层次布局，核心区位于江苏东海高新技术产业开发区，占地2万亩；示范区位于东海县，占地20万亩；辐射区包括灌云县、灌南县及赣榆区共35万亩的辐射区域。“三区”通过创新融合、引领支撑、技术扩散，形成联动发展的格局。按照国家现代农业发展的总体要求，规划提出“政府引导、科技支撑、企业运作、社会参与、农民受益”的原则，以“科技、生态、高效”为主攻特色，发挥科技资源在农业经济领域创新创业的引领作用，以“科技支撑下的现代外向型农业”为主导目标，将园区建成中国黄淮海地区现代农业科技示范高地，成为“国家农产品出口、农业技术输出、农业人才储备”的主要科技基地和国家新农村建设的重要科技示范基地。

　　2018年10月江苏连云港国家农业科技园区通过国家科技部验收，并在全国前十名，为农业科技创新提供有力支撑样板。